内蒙古河套灌区水利发展中心主要承担河套灌区灌排管理与调度、水费计收核算、河套灌区分凌、防汛、排涝、抗旱工作，河套灌区工程建设、管理、运行维护，河套灌区灌溉试验、科研及技术推广、水利信息化等工作。统筹实施乌梁素海生态补水、配合实施综合治理相关工作。