温州市疾病预防控制中心于2000年7月成立，由原温州市防疫站、原市结核病防治所、原市皮防站、原市健康教育所合并组成（温政办〔2000〕19号文件），系温州市卫生健康委员会下属全额拨款事业单位，承担温州市疾病预防控制、卫生检验监测、健康教育、科研培训等业务。 目前市疾控中心编制230人，在编188人，研究生及以上学历59人、本科学历107人，占88.30%；专业技术人员178人，其中高级技术职称63人，占35.39%；中级技术职称43人，占24.15%。现设职能科室7个、业务科室14个。主要负责全市疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测检验与评价、健康教育与健康促进、技术管理与应用研究指导等工作。 2005年4月，高15层、建筑面积约2万平方米的疾控新大楼正式启用。中心始终坚持以人为本、开拓创新，不断完善突发公共卫生应急体系，履行疾病防控职责，取得了显著的成效。近年来，市疾控中心加强传染病的预警和监测能力，及时处置各类突发公共卫生事件，在“非典”、禽流感、霍乱、手足口病、艾滋病、结核病、麻疹、甲流、新冠肺炎等重大传染病的防控工作中发挥了重要作用。 中心几年来先后获“全国疾病预防控制先进集体”、“全国医药卫生先进集体”、“全国结核病防治先进集体”、“创建国家卫生城市工作先进集体”、“浙江省卫生应急工作先进集体”、“省食品安全风险监测工作先进集体”、“浙江省疾病预防控制先进集体”、“浙江省抗击新冠肺炎疫情先进集体”、“浙江省先进基层党组织”、“浙江省文明单位”、“幸福温州”建设成绩突出集体、“高水平创新型城市建设先进集体”等多项荣誉。