青海省藏医药研究院前身为青海省藏医药研究所，成立于1983年，为公益一类正县级事业单位。目前，研究院下设科研管理办公室、党政办公室、财务办公室，《中国藏医药》编辑部、文献信息中心、药物研发中心、分析检测中心。共有各类实验仪器设备145台（套），专兼职科研人员78名。先后被认定为国地联合藏药工程研究中心、青海省藏医药产业技术创新战略联盟、青海省藏药技术创新中心、青海省藏药新药开发优秀重点实验室、藏药新药开发国家重点实验室、青海大学藏医药创新人才培养基地。