科创中国
基于stacking集成学习策略的Cas蛋白预测方法
成果类型：: 发明专利
发布时间: 2023-07-27 10:24:31
科技成果产业化落地方案
方案提交机构：“科创中国”黑龙江科技服务团| 关德军 | 2023-10-24 09:57:45
CRISPR-Cas系统是大多数细菌与古菌中用于抵御病毒的一种免疫系统。在不断探究CRISPR-Cas系统及其功能多样性的相关研究中最关键的步骤之一是鉴定CRISPR-Cas系统中的Cas蛋白。在过去的10年里，随着科学家们对CRISPR-Cas系统的深入理解，目前已在细菌和古细菌基因组中鉴定得到了与CRISPR-Cas系统相关的不同蛋白家族至少45个。由RNA引导的DNA内切酶，如Cas9和c2c2等Cas蛋白，越来越多的被应用于基因组编辑领域。
基于CRISPR进行病毒诊断的相关研究也不断兴起，但与基因编辑领域常用Cas9不同的是，基于CRISPR的诊断研究中常用Cas13这一家族。有效识别更多的Cas蛋白不仅是帮助生物学家进一步推断CRISPR-Cas系统类型，理解CRISPR-Cas系统机制的必要条件，也是支持基因编辑新型剪子和基于CRISPR的病毒诊断研究等新型技术发展的起点。目前为止，已经开发了一些基于机器学习的方法来识别Cas蛋白，但其在模型构建及特征工程方面存在着一定的局限性，导致无法达到理想的预测效果。
1.超声有助于急性呼吸衰竭的鉴别诊断，应用方案包括7个原则和10个征象。7个原则：1.简单的技术，同时最简单的技术是最适用的。2.在胸部、空气和水是混合的产生了特殊标志、特征和伪影。3.肺是体积最大的器官，但是应用最适合分析的点“蓝点”进行流程化的扫描。4.所有征象和伪影起自胸膜线，这是最基本标志。5.伪影通常考虑为超声干扰，但有特殊意义。6.肺是最重要的器官，并能够运动，所以作为正常的基本运动征象，“动态肺滑动征”是至关重要的。7.所有体表性的，胸膜线周围的急性致命病变都是肺重要肺部超声应用范围。10个征象：1.蝙蝠征（胸膜线）2.肺滑动征（沙滩征）3.A线（水平伪影）4.四边形和正弦波形提示胸腔积液5.碎片征和组织样征象提示肺实变6.B线和彗星尾征提示间质综合征7.肺滑动征消失并出现平流层提示气胸8.肺点提示气胸9.肺搏动征10动态支气管充气征（9/10常用于区分肺炎和肺不张）
2.管理循环障碍，通过心肺超声相结合，可以作为临床早期液体过负荷的评价工具，按照从梗阻性休克到心源性休克，再到低血容量性休克，最后是分布性休克的顺序依次评估。方案顺序：1.心包积液2.扩张的右心室3.梗阻性休克通过未发现心包填塞，肺栓塞或气胸征象进行合理排除4.左心室导致的心源性休克进行排除。当既不是3，又不4时，这些患者可能心低血容量性休克或分布性休克，这二种均可在液体治疗中受益。
3.辅助静脉
学校创建于1952年7月，原名东北林学院，是在浙江大学农学院森林系和东北农学院森林系基础上建立的，由国家林业部直属管理。1985年8月更名为东北林业大学。2000年2月，由国家林业局划归教育部直属管理。2005年10月，经国家发改委、财政部和教育部批准，成为国家“211工程”重点建设高校。2010年11月，教育部和国家林业局签署合作共建协议。2011年6月，成为国家“优势学科创新平台”项目重点建设高校。2012年3月，教育部与黑龙江省人民政府签署合作共建协议。2017年9月，经国务院批准列为“双一流”建设高校。2022年2月，入选国家第二轮“双一流”建设高校。
沙门氏菌病是具有重要公共卫生意义的人兽共患病之一，给人类健康和食品卫生安全造成极大的威胁。其病原为沙门氏菌属成员，是一种重要的食源性致病菌。据报道，全球每年由沙门氏菌感染导致5.5亿人患胃肠炎，约42万人死亡。沙门氏菌通过受污染的食物或水被摄入，并利用宿主的肠道粘膜作为入口引发感染。感染通常表现为局部胃肠道疾病（肠炎和腹泻）。然而，在免疫功能低下的个体中，感染可能变得严重并危及生命。
宿主细胞如何感应细菌入侵，并和细菌一起调节其感染过程是一个重要的问题。沙门氏菌入侵宿主细胞、在胞内定殖必然通过与宿主的相互作用来实现。本研究基于前期的研究基础，以宿主因子β2 integrin为研究对象，从细菌与宿主相互作用的角度出发，系统研究沙门氏菌与β2 integrin之间存在的相互作用，揭示宿主因子β2 integrin介导沙门氏菌入侵宿主细胞的分子机制。
在前期的实验研究中，在前期工作中，本研究采用RNAi和沙门氏菌侵袭实验相结合的方法对28个潜在的参与沙门氏菌入侵相关的宿主因子进行筛选和鉴定，获得了3个宿主因子参与沙门氏菌的细胞侵袭，其中包括β2 integrin。进一步研究证实，β2 integrin是影响沙门氏菌入侵宿主细胞的重要分子，表明β2 integrin与沙门氏菌之间存在着直接或间接的相互作用。本研究用HeLa细胞作为沙门氏菌感染的细胞模型，利用宿主因子过表
技术转让、合同、入股均可，具体资金双方协商，希望尽快落地实现产业化。
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