科创中国
基于深度自动编码器的lncRNA-蛋白质相互作用预测方法
成果类型：: 发明专利
发布时间: 2023-07-18 14:59:17
科技成果产业化落地方案
方案提交机构：“科创中国”黑龙江科技服务团| 崔亚滨 | 2023-11-06 17:06:07
长链非编码RNA(long non-coding RNA，lncRNA)是一类长度大于200个核苷酸、无蛋白质编码能力或编码能力极低的RNA转录本，是生物体内重要的分子调控元件。lncRNA并不是孤立地存在于生物体内的，它通过传递信号、引导蛋白质定位、集结染色质重构复合物以及诱捕微小RNA(miRNA)等多种方式发挥其调控功能。由于蛋白质直接参与了生物体内几乎所有的生长发育过程，与蛋白质发生相互作用成为lncRNA发挥其调控功能的主要途径。在生物体内，lncRNA既可以直接结合特定的蛋白质，也可以招募蛋白质形成RNA-蛋白质复合体，与蛋白质之间存在广泛的相互作用。由于蛋白质与lncRNA的相互作用在转录后基因调控中起到了重要的作用，如：剪接、信号转导、翻译和复杂疾病的进展，目前国内外研究者对lncRNA的关注度持续升温，lncRNA-蛋白质相互作用已经成为探索和解析lncRNA功能的重要途径。
目前预测lncRNA-蛋白质相互作用的典型方法有：catRAPID、lncPro、RPI-Pred和IPMiner等。catRAPID方法以lncRNA与蛋白质的二级结构、氢键作用以及范德华力等理化特性为特征，进而建立基于支持向量机和基于随机森林的预测模型。lncPro方法以lncRNA与蛋白质的序列特征之间的关联矩阵为基础，采用线性判别方法进行预测。RPI-Pred方法采用序列和三维结构特征，以支持向量机作为分类器预测lncRNA-蛋白质相互作用。IPMiner方法利用深度学习模型对lncRNA和蛋白质的序列组成特征进行多层非线性变换，进而以此为基础建立基于随机森林的预测模型。与其他使用浅层分类器的方法相比，IPMiner方法获得了更高的预测准确性。这种性能改进得益于经过多层非线性变换后的特征更具有表征能力，能够准确地描述样本的分布规律。但是，由于lncRNA-蛋白质相互作用样本的先验分布(单模或多模)未知，因此在面对对样本分布有严格要求的特征变换方法时IPMiner方法的预测准确率并不高。因此目前lncRNA-蛋白质相互作用还存在特征表达能力低导致的样本在特征空间的分布区别不大，从
（一）项目来源
项目来源于市科技局，计划名称为LEF1在前列腺癌中的表达及意义，编号为SFGG-201718。
（二）应用领域和技术原理
应用领域:
LEF1在前列腺癌中的表达及意义的研究应用于前列腺癌的诊断及治疗。
技术原理:
1、收集已确诊的临床病理标本并分组：收集所有患者的一般人口学资料，以及肿瘤的大小、病理分级、临床分期、淋巴结转移情况等资料。
2、用免疫组织化学法测定标本中LEF1表达情况。
3、分析LEF1在前列腺良性增生、皮内瘤及前列腺癌中表达的差异性。
4、分析LEF1前列腺癌患者淋巴结转移组和无淋巴结转移组中LEF1的表达情况。
5、统计学处理：实验数据采用SPSS18. 0软件进行分析，以P<0.05为差异有统计学意义。
（三）性能指标
LEF-1 以细胞核染色出现棕黄／褐色颗粒为阳性表达；P504S 以细胞浆染色出现棕黄／褐色颗粒为阳性表达。首先在低倍镜（×100）下选取 10 个不同的具有代表性的 LEF-1 和 P504S 染色阳性区域，然后转至高倍镜（×400），在每个视野中以 100 个肿瘤细胞为单位，将阳性细胞百分比分成 5 级，其中无阳性细胞为 0 分，阳性细胞≤25%为 1 分，26%-50%为 2 分，51%-75%为 3 分，＞75%为 4 分。着色强度无色为 0 分，淡黄色为 1 分，棕黄色为 2 分，棕褐
学校创建于1952年7月，原名东北林学院，是在浙江大学农学院森林系和东北农学院森林系基础上建立的，由国家林业部直属管理。1985年8月更名为东北林业大学。2000年2月，由国家林业局划归教育部直属管理。2005年10月，经国家发改委、财政部和教育部批准，成为国家“211工程”重点建设高校。2010年11月，教育部和国家林业局签署合作共建协议。2011年6月，成为国家“优势学科创新平台”项目重点建设高校。2012年3月，教育部与黑龙江省人民政府签署合作共建协议。2017年9月，经国务院批准列为“双一流”建设高校。2022年2月，入选国家第二轮“双一流”建设高校。
随着特高压直流输电工程的建设，电力系统中所需的动态无功功率储备容量也越来也大。静止无功补偿装置受其工作原理限制，在电力系统故障状态，无法向系统提供足够的动态无功功率。为增强电力系统的稳定性，提高电网电压支撑，需要研发一种新型调相机，在电力系统事故状态，快速动态响应向系统提供充足的无功功率，确保电网的稳定。
依托扎鲁特换流站300MVar大容量全空冷调相机项目，哈尔滨电机厂有限责任公司创新性研制具有自主知识产权的大型300MVar大容量全空冷新型调相机组，调相机技术指标如下：
单机容量：300 MVA
无功调节范围：-150~300 Mvar
额定电压：20 kV，额定电流：8660 A
额定转速：3000 rpm，额定频率：50 Hz
短路比：≥ 0.55
直轴超瞬变电抗 <14%
直轴短路瞬变时间常数 <0.95 s
世界范围内首台投入正式运行的新型大容量调相机2017年12月11日一次并网成功，2017年12月31日顺利通过168小时试运行。调相机性能良好，能满足各种工况的要求，保护系统动作可靠，各辅机均能满足机组稳定运行的要求，各项运行参数均达到预期设计目标。
技术转让、合同、入股均可，具体资金双方协商，希望尽快落地实现产业化。
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