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双向多步De Bruijn图的自环双向边识别与去除方法
成果类型：: 发明专利
发布时间: 2023-02-06 10:30:38
科技成果产业化落地方案
方案提交机构：天津市滨海新区| 郝建平 | 2023-02-24 11:00:47
本发明公开一种双向多步De Bruijn图的自环双向边识别与去除方法，包括步骤，S1、读取测序数据源文件，并构造双向多步De Bruijn图；S2、设定所述双向多步De Bruijn图中的每个顶点u的数据结构，对所述双向多步De Bruijn图自环双向边的识别；S3、对所述双向多步De Bruijn图自环双向边的去除。本发明技术效果包括（1）面向多步双向De Bruijn图；（2）根据自环双向边的目标节点以及自环双向边的目标节点方向来识别区分自环双向边；（3）根据自环双向边的目标节点方向，采取不同的自环双向边的去除方法；（4）可以有效的发现错误的双向边，而且避免对正确的双向边的破坏，从而提高contigs的长度，更重要的是能够同步提高contig的质量。
一种双向多步De Bruijn图的自环双向边识别与去除方法，其特征在于，包括步骤，S1、读取测序数据源文件，并构造双向多步De Bruijn图；S2、设定所述双向多步De Bruijn图中的每个顶点u的数据结构，对所述双向多步DeBruijn图自环双向边的识别；S3、对所述双向多步De Bruijn图自环双向边的去除；所述自环双向边的识别包括，S21、遍历所述双向多步De Bruijn图中的每个顶点u；S22、统计所述顶点u中指向所述顶点u的边；S23、判断所述顶点u是否存在指向所述顶点u的边，是则执行步骤S21；否则判断所述顶点u是否只有一条边或者两条边指向所述顶点u，是则执行步骤S24；否则执行步骤S21；S24、判断两条自环边指向所述顶点u的方向是否不同，是则，所述自环边无法处理，执行步骤S21；否则执行步骤S25；S25、如果所述顶点u的出度减去所述顶点u的自环边的个数deg等于1或者2，且两个非自环边的下标一个小于4、另一个大于3,则标记所述顶点u为一可扩展的自环顶点，执行步骤S21。
基因序列分析以算法与数学模型为核心，包括:基因数据的存储与获取、序列比对、测序与拼接、基因预测、生物进化与系统发育分析、蛋白质结构预测、RNA结构预测、分子设计与药物设计、代谢网络分析、基因芯片、DNA计算等。生物技术和计算机信息处理技术的紧密结合，加快了处理生物信息数据的速度，使得在尽短的时间内对生物学做出准确的诠释，加快生物信息学的发展。
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(1)面向多步双向De Bruijn图；
(2)根据自环双向边的目标节点以及自环双向边的目标节点方向来识别区分自环双向边；
(3)根据自环双向边的目标节点方向，采取不同的自环双向边的去除方法；
(4 )可以有效的发现错误的双向边，而且避免对正确的双向边的破坏，从而提高 contigs的长度，更重要的是能够同步提高contig的质量。附图说明
技术合作
以上所述本发明的具体实施方式，并不构成对本发明保护范围的限定。任何根据本发明的技术构思所作出的各种其他相应的改变与变形，均应包含在本发明权利要求的保护范围内。
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