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靶标打分函数优化方法及系统
发布时间: 2023-09-08
基本信息
合作方式：
技术服务
成果类型：
发明专利
行业领域：
物理
成果介绍
本发明涉及一种靶标打分函数优化方法，包括：a.选择相应的有机小分子类型及其数量，进行混合溶剂分子动力学模拟；b.根据混合溶剂分子动力学模拟结果，构建对应靶标的靶标‑配体复合物结构与结合自由能数据库；c.使用构建好的数据库对打分函数的权重进行训练，为靶标结合口袋附近的原子分配不同的权重。本发明还涉及一种靶标打分函数优化系统。本发明充分考虑了靶标的个体特征，提升了分子对接的筛选性能。
成果亮点
1.一种靶标打分函数优化方法，其特征在于，该方法包括如下步骤：
a.选择相应的有机小分子类型及其数量，进行混合溶剂分子动力学模拟；
b.根据混合溶剂分子动力学模拟结果，构建对应靶标的靶标-配体复合物结构与结合自由能数据库；
c.使用构建好的数据库对打分函数的权重进行训练，为靶标结合口袋附近的原子分配不同的权重。
2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述的步骤a包括：
首先，在模拟前对靶标结构进行处理，补齐缺失的原子；然后，使用靶标的完整结构进行混合溶剂分子动力学模拟的模拟前准备，所述模拟前准备包括添加水、探针和离子等；最终得到用于分子动力学模拟的拓扑文件、参数文件和配置文件等。
3.如权利要求2所述的方法，其特征在于，所述的混合溶剂包括有机溶剂；所述有机溶剂包括：丙醇、乙酰胺、异丙胺、二甲基亚砜、三氟乙烷、叔丁烷、乙酸、胍盐、咪唑和苯。
团队介绍
中国科学院深圳先进技术研究院提升了粤港地区及我国先进制造业和现代服务业的自主创新能力，推动我国自主知识产权新工业的建立，成为国际一流的工业研究院。 深圳先进院目前已初步构建了以科研为主的集科研、教育、产业、资本为一体的微型协同创新生态系统，由九个研究平台，国科大深圳先进技术学院，多个特色产业育成基地、多支产业发展基金、多个具有独立法人资质的新型专业科研机构等组成。开展先进技术研究，促进科技发展。信息、电子、通讯技术研究新材料、新能源技术研究高性能计算、自动化、精密机械研究生物医学与医疗仪器研究相关学历教育、博士后培养与学术交流。
成果资料
产业化落地方案
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