科创中国
基于堆叠集成模型的囊泡转运蛋白识别方法
发布时间: 2023-07-18
基本信息
合作方式：
技术转让
成果类型：
发明专利
行业领域：
生物与新医药技术
成果介绍
囊泡转运蛋白在真核细胞的功能和结构中发挥着重要作用，并且与相关疾病的关系越来越明确，因此对囊泡转运蛋白的深入研究尤为重要。在生物学研究领域，研究人员在囊泡转运蛋白识别方面取得了一定的成果,如吗啉代击倒和解剖。然而，传统的鉴别方法是非常昂贵且耗时的。随后人们开发自动计算预测方法，以快速和准确地识别囊泡转运蛋白。Anderson和Sandelius利用基于网络的亚细胞预测工具，在拟南芥基因组中搜索叶绿体定位的胞浆囊泡运输组分的同源物。Emelie等人利用生物信息学分析指出了两种常见的囊泡转运蛋白(Coat和Clathrin)的作用。Le等人使用二维卷积神经网络(ConvolutionalNeural Network,CNN)建立计算模型，对Rab GTPases在囊泡运输系统中的分子功能进行分类
成果亮点
Tao,Zhiyu等人利用MRMD和LibSVM识别囊泡转运蛋白。Gong,Yue等人提出VTP-Identifier模型，利用PSSM特征提取和XGBoost对囊泡准运蛋白进行识别。尽管现有的自动计算方法对囊泡转运蛋白识别取得了一定的成果，然而仍存在一定局限性。深度学习方法虽然达到了一定的精度，但耗时相对较长且对计算机设备性能要求较高。传统的单一机器学习方法有其各自的偏向，并不能全面的学习蛋白质相关特征，只在某些方面表现优异。
团队介绍
学校创建于1952年7月，原名东北林学院，是在浙江大学农学院森林系和东北农学院森林系基础上建立的，由国家林业部直属管理。1985年8月更名为东北林业大学。2000年2月，由国家林业局划归教育部直属管理。2005年10月，经国家发改委、财政部和教育部批准，成为国家“211工程”重点建设高校。2010年11月，教育部和国家林业局签署合作共建协议。2011年6月，成为国家“优势学科创新平台”项目重点建设高校。2012年3月，教育部与黑龙江省人民政府签署合作共建协议。2017年9月，经国务院批准列为“双一流”建设高校。2022年2月，入选国家第二轮“双一流”建设高校。
成果资料
产业化落地方案
成果综合评价报告
评价单位：“科创中国”黑龙江科技服务团 (黑龙江省科学技术协会) 评价时间：2023-11-06
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