科创中国
一种心血管疾病患者DNA甲基化数据处理平台及方法
发布时间: 2023-05-17
基本信息
合作方式：
技术转让
成果类型：
发明专利
行业领域：
生物与新医药技术
成果介绍
所述搜索模块中包含一个带有快速搜索功能的主页HomePage，模糊搜索输入的疾病、基因、药物名称，跳转到结果展示页面；同时包含一个高级搜索页Search，入口位于导航栏，提供可指定疾病类型、甲基化状态、差异p值以获取相关差异甲基化基因的功能，并在结果展示界面展示；结果展示页面包含疾病、基因、甲基化状态、甲基化水平、显著p值信息的匹配搜索的条目，详情按钮会指向基因详情页面；
所述浏览模块包含目录页Curation、CVDrug Network页面与甲基化浏览器HMBrowser，入口均位于导航栏中，其中包含收录的全部心血管疾病与显著差异甲基化基因，点击后台分别跳转到疾病详情页与基因详情页；CVDrug Network页面以网络形式展现心血管疾病—甲基化基因—治疗药物三者间的关系，网络可交互，悬浮显示信息、点击高亮邻居节点；HM甲基化浏览器中用户通过提交 GeneSymbol，Gene ID 或基因组区域来浏览 DNA 和重注释后的探针的结构，并提供了到 UCSC 基因组浏览器的链接，供用户进一步研究心血管疾病中甲基化的特征；
成果亮点
所述疾病详情模块包含疾病详情页面与基因详情页面，入口在结果展示页面中，疾病详情页面展示了包括但不仅限于疾病的名称、别名、MeSH ID、DO ID、OMIM ID、甲基化状态信息、差异甲基化基因、差异甲基化基因功能注释、相关药物，并跳转到 HM 甲基化浏览器中；基因详情页面展示了包括但不限于基因的 Gene Name、基因组位置信息、以其为靶点的心血管病相关药物、各疾病中甲基化水平的对比图、外部网站功能注释链接，同时跳转到HM 甲基化浏览器中；
所述工具模块Tools入口位于导航栏，包括两种在线工具， 450K 探针重新注释工具与450K 文件转换工具；通过 450KPR，用户直观地浏览从 GEO 数据库中获取的平台注释文件；使用 450KPR，用户通过上传用户提供的外部 HM450k 阵列数据集来获得该样本的基因甲基化 beta 值的计算结果。
团队介绍
哈尔滨医科大学坐落在北国冰城哈尔滨，是一所历史文化底蕴深厚的医学高等学府，由我国现代医学先驱伍连德博士于1926年创办的滨江医学专门学校（1938年更名为哈尔滨医科大学）和前身为中国共产党于1931年在江西瑞金创建的中国工农红军军医学校原兴山（现鹤岗市）中国医科大学第一、二分校组建而成。学校历经97年的发展建设，传承伍连德博士“赤诚爱国、自强创业”的精神，发扬中国工农红军军医学校“政治坚定、技术优良”的光荣传统，秉承“木直中绳、博学载医”的校训，综合实力不断增强，具有相当的发展规模和鲜明的办学特色。学校是部委省共建大学、黑龙江省国内一流大学建设高校、中俄医科大学联盟中方牵头单位、国家理科基础科学研究与教学人才培养基地、教育部首批试办七年制高等医学教育院校、教育部高水平公共卫生学院建设高校。
成果资料
产业化落地方案
成果综合评价报告
评价单位：“科创中国”黑龙江科技服务团 (黑龙江省科学技术协会) 评价时间：2023-11-10
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