科创中国
基因测序数据读取方法及系统
发布时间: 2023-02-08
基本信息
合作方式：
技术服务
成果类型：
发明专利
行业领域：
生物与新医药技术
成果介绍
本发明涉及生物信息学技术领域，提出了一种基因测序数据读取方法，包括如下步骤：对用户参数进行解析，确定任务个数；根据任务个数将测序数据分割成相同大小的文件块；对每个文件块的起始地址和终止地址进行调整；各任务对调整后的文件块结果进行读取。本发明还提供了基因测序数据读取系统及设有所述系统的基因测序数据分析装置。本发明实现了基因测序数据的并行读取，且各个文件块大小均匀，还避免了将一个序列分割到两个不同的文件块中。
成果亮点
一种基因测序数据读取方法，其特征在于，包括如下步骤：步骤a：对用户参数进行解析，确定任务个数；步骤b：根据任务个数将测序数据分割成相同大小的文件块；步骤c：对每个文件块的起始地址和终止地址进行调整；步骤d：各任务对调整后的文件块结果进行读取；在所述步骤a之前还包括如下步骤：对任务进行初始化，在所有节点之间建立连接，并对节点信息、任务信息进行统计；所述步骤d为各任务对调整后的文件块结果进行多视口并行文件读取；所述步骤b具体为：根据任务个数将测序数据分割成相同大小的文件块，得到每个文件块的起始位置和终止位置；所述步骤c具体为：将步骤b所得每个文件块的起始位置调整为所述起始位置后第一个序列的起始点；将步骤b所得每个文件块的终止位置调整为所述终止位置后第一个序列的起始点，或调整为所述终止位置后的文件终止符；所述任务为进程，或程序中的线程。
团队介绍
中国科学院深圳先进技术研究院提升了粤港地区及我国先进制造业和现代服务业的自主创新能力，推动我国自主知识产权新工业的建立，成为国际一流的工业研究院。 深圳先进院目前已初步构建了以科研为主的集科研、教育、产业、资本为一体的微型协同创新生态系统，由九个研究平台，国科大深圳先进技术学院，多个特色产业育成基地、多支产业发展基金、多个具有独立法人资质的新型专业科研机构等组成。开展先进技术研究，促进科技发展。信息、电子、通讯技术研究新材料、新能源技术研究高性能计算、自动化、精密机械研究生物医学与医疗仪器研究相关学历教育、博士后培养与学术交流。
成果资料
产业化落地方案
成果综合评价报告
评价单位：- (-) 评价时间：2023-04-18
吴正斌
天津中科先进技术产业有限公司
总经理
综合评价
这个企业已经有一定的基础，建议与相关学会组织搭建平台，请学会以及研究所、大学和相关企业参与，可能会攻克难关，会对我们国家甚至世界所存在的问题提出解决的措施并做出贡献，前途可期。
查看更多>
下载app