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双向多步De Bruijn图的自环双向边识别与去除方法
发布时间: 2023-02-06
基本信息
合作方式：
技术服务
成果类型：
发明专利
行业领域：
物理
成果介绍
本发明公开一种双向多步De Bruijn图的自环双向边识别与去除方法，包括步骤，S1、读取测序数据源文件，并构造双向多步De Bruijn图；S2、设定所述双向多步De Bruijn图中的每个顶点u的数据结构，对所述双向多步De Bruijn图自环双向边的识别；S3、对所述双向多步De Bruijn图自环双向边的去除。本发明技术效果包括（1）面向多步双向De Bruijn图；（2）根据自环双向边的目标节点以及自环双向边的目标节点方向来识别区分自环双向边；（3）根据自环双向边的目标节点方向，采取不同的自环双向边的去除方法；（4）可以有效的发现错误的双向边，而且避免对正确的双向边的破坏，从而提高contigs的长度，更重要的是能够同步提高contig的质量。
成果亮点
一种双向多步De Bruijn图的自环双向边识别与去除方法，其特征在于，包括步骤，S1、读取测序数据源文件，并构造双向多步De Bruijn图；S2、设定所述双向多步De Bruijn图中的每个顶点u的数据结构，对所述双向多步DeBruijn图自环双向边的识别；S3、对所述双向多步De Bruijn图自环双向边的去除；所述自环双向边的识别包括，S21、遍历所述双向多步De Bruijn图中的每个顶点u；S22、统计所述顶点u中指向所述顶点u的边；S23、判断所述顶点u是否存在指向所述顶点u的边，是则执行步骤S21；否则判断所述顶点u是否只有一条边或者两条边指向所述顶点u，是则执行步骤S24；否则执行步骤S21；S24、判断两条自环边指向所述顶点u的方向是否不同，是则，所述自环边无法处理，执行步骤S21；否则执行步骤S25；S25、如果所述顶点u的出度减去所述顶点u的自环边的个数deg等于1或者2，且两个非自环边的下标一个小于4、另一个大于3,则标记所述顶点u为一可扩展的自环顶点，执行步骤S21。
团队介绍
中国科学院深圳先进技术研究院提升了粤港地区及我国先进制造业和现代服务业的自主创新能力，推动我国自主知识产权新工业的建立，成为国际一流的工业研究院。 深圳先进院目前已初步构建了以科研为主的集科研、教育、产业、资本为一体的微型协同创新生态系统，由九个研究平台，国科大深圳先进技术学院，多个特色产业育成基地、多支产业发展基金、多个具有独立法人资质的新型专业科研机构等组成。开展先进技术研究，促进科技发展。信息、电子、通讯技术研究新材料、新能源技术研究高性能计算、自动化、精密机械研究生物医学与医疗仪器研究相关学历教育、博士后培养与学术交流。
成果资料
产业化落地方案
成果综合评价报告
评价单位：- (-) 评价时间：2023-04-18
吴正斌
天津中科先进技术产业有限公司
总经理
综合评价
这个企业已经有一定的基础，建议与相关学会组织搭建平台，请学会以及研究所、大学和相关企业参与，可能会攻克难关，会对我们国家甚至世界所存在的问题提出解决的措施并做出贡献，前途可期。
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