结核分枝杆菌泛基因组数据库及TRANSFLOW结核分枝杆菌在线分析平台

发布时间: 2022-09-02

来源: 科技服务团

基本信息

合作方式：技术转让

成果类型：发明专利

行业领域：

生物与新医药技术

成果介绍

浙江省疾病预防控制中心与杭州广科安德生物科技有限公司联合开发基于泛基因组的结核全基因组测序分析技术平台，通过构建结核分枝杆菌泛基因组数据库，建立泛基因组中国流行株的比对标准序列，减少当前WGS比对分析时利用H37Rv标准株序列带来的遗传偏差，并显著提高分辨率；建立了基于泛基因组数据库及标准序列的MTB在线分析平台TransFlow，通过该平台可自动化实现WGS数据质控、序列比对、变异检测、谱系鉴定、耐药预测、系统发育分析和可视化报告输出等功能，减少工作人员生信分析能力需求。

成果亮点

首次应用结核泛基因组概念建立序列比对标准，可提高比对分辨率40%以上，为结核病传播提供更精准的实验室数据支撑；TransFlow在线分析平台，可实现一键式WGS分析，降低基层结核病工作人员对WGS分析的技术门槛，并实现开放和共享。

团队介绍

该项目团队由浙江省疾病预防控制中心结核病防制所和杭州广科安德生物科技有限公司联合组成。浙江省疾病预防控制中心结核病防制所是浙江省结核病预防控制指导单位。建有独立的结核BSL-3实验室1套，加强型BSL-2实验室4间。拥有数十年结核病个案数据库及病原数据库，多个结核病潜伏感染疫情筛查现场，同时已采集了自然环境与社会经济等大数据。具有丰富的结核病防控技术研究和结核病实验室病原学研究的基础。杭州广科安德生物科技有限公司是一家拥有中美两国自主知识产权的新型生物科技公司，由MD安德森癌症中心的科学家和来自麻省理工、哈佛大学、海德堡大学、清华大学、南卡大学、浙江大学、香港城市大学的高端技术团队共同创立，拥有基因组学技术平台、蛋白质组学技术平台、生物信息学大数据分析平台和体外诊断试剂开发平台，可以深入开展国际最前沿的各类基因组学分析研究，与国际一流的基因组学科研实验室比肩。

成果资料

产业化落地方案

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成果综合评价报告

评价单位：“科创中国”生命健康产业科技服务团 (中国防痨协会) 评价时间：2022-11-14

张彤

上海中医药大学教学实验中心

常务副主任

综合评价

专家组认真审核了相关材料，听取了课题组的汇报，质询了有关项目情况，经认真讨论，形成验收意见如下: 一、项目组提供的资料齐全、规范，符合验收要求。二、本研究模型训练完成后，为保证模型对语料具备较好的泛化能力，应从错误率、精度、准确率、精确度、召回率等方面进行评估。三、项目完成了合同中规定的考核指标。四、项目经费使用合理，符合相关要求。验收专家组认为，该项目立题正确，设计科学，创新性强，资料可靠，结论可信；研究成果具有明显的原始和应用创新性及临床应用价值

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