本发明公开了一种利用间歇模拟移动床色谱同时制取木糖、阿拉伯糖和半乳糖的方法,属于食品工业分离技术领域。该方法包括以下步骤:(1)木糖母液预处理;(2)间歇模拟移动床色谱分离木糖、阿拉伯糖和半乳糖。本发明不仅能以高纯度和高产率从木糖母液或木糖发酵液中同时制取木糖、阿拉伯糖和半乳糖,克服糖组分回收率不高、常规色谱不满足分离要求、现有色谱多组分分离系统复杂、固定相需求量大、分离功能区交叉污染等问题,还解决了因半乳糖导致木糖和阿拉伯糖结晶收率较低、发酵法难以消耗掉半乳糖等问题,实现了高价值糖类的充分回收,提高了资源利用率。