本发明公开了一种基于深度神经网络的影像三维组织分割与测定方法,包括,采集活体猪的CT图像,划分为训练集与测试集并在训练集上进行标注;构建CT床分割网络和内脏分割网络,并利用所述标注好的训练集进行训练得到CT床分割模型和内脏分割模型;利用所述CT床分割模型和所述内脏分割模型预测其掩膜图并去除所述CT床和内脏;结合所述活体猪的CT图像提取出猪体的脂肪、肌肉与骨骼部分并计算猪体的总体质量及各个组织的占比。可以自动、快速、准确分割出种猪的脂肪、肌肉和骨骼等组织,并且本方法适用于任何形状、任何大小的种猪。