本发明属于智能细胞生物识别领域,涉及基于多视角深度特征与多标签学习的RNA结合蛋白识别。该方法包括训练阶段和使用阶段两部分,训练阶段包括初始多视角数据构造、深度多视角特征提取模型和多标签分类器训练。初始多视角数据构造使用分子生物学原理和统计学原理将原始的RNA序列转换成氨基酸序列和二肽成分,获得氨基酸序列和二肽成分特征,然后和原始的RNA序列一起构建成初始多视角特征,为初始多视角特征构建模型。本发明基于最初的多视角数据,利用CNN进行深度学习来构造出深度多视角特征,相对于原始多视角特征,经过深度特征提取的多视角特征具有更小的数据维度和更高的分类效果。