本发明提供一种基于多惯组信息辅助的飞行故障检测方法及装置,该方法包括:获取基于已知飞行轨迹产生导航系统误差规律的先验信息;根据所述先验信息对组合时段进行划分,得到滤波器误差协方差阵稳定阶段和滤波器误差协方差阵收敛阶段;判断当前故障检测时刻是否处于滤波器误差协方差阵稳定阶段;若当前故障检测时刻处于滤波器误差协方差阵稳定阶段,基于多惯组协同的残差χ2检验法对飞行故障检测;若当前故障检测时刻处于滤波器误差协方差阵收敛阶段,基于协方差先验信息的最大值检验法对飞行故障检测。本发明提高了飞行故障检测的准确度,能有效保证多惯组工作可靠性。