本发明公开了一种露天矿排弃物重金属污染的微生物治理方法,包括在露天矿排弃土场中由下至上依次铺设隔水层、含水层、排弃物重金属污染层、表土层,在排弃物重金属污染层中设置菌种层,菌种层的上、下表面分别设置孔隙薄膜,菌种层内设置网格板,网格板通过输送管与地面上的加压泵房连通,加压泵房通过制菌控制阀和调节控制阀分别与制菌池和调节池连通。本发明通过重构岩层结构和改变原来的菌种与重金属污染物的混合方式,可以实现在露天矿排弃物料中营造微生物合适的外界条件,提高重金属污染土壤微生物修复的效率,改善露天矿生态环境,节约大量的土地污染治理成本。