本发明公开了一种确定产氢产乙酸菌最适保存温度的方法,属于环境工程技术领域。本发明通过流式细胞术对产氢产乙酸菌中活细胞,凋亡早期细胞,凋亡晚期细胞和死细胞比例进行表征,并与产氢产乙酸菌活性恢复过程的特征指标进行关联性分析,建立了基于流式细胞术的确定产氢产乙酸菌最适保存温度的方法。运用此方法,可以省略产氢产乙酸菌活性恢复的步骤,有效帮助准备采用产氢产乙酸菌强化底物转化的高浓度有机废处理工程,并显著提升产氢产乙酸的生产效率,其中产氢气和乙酸产量均超过***%和620mg/L,且能够维持长期稳定运行,具有很高的可行性。