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本发明公开了一种甘油磷酸钠的制备方法，该方法为：碳酸钠、磷酸、甘油按重量计分别为碳酸钠40-65g、磷酸80-110g、甘油160-200g；将磷酸、甘油投入到酯化反应缸内，再加入碳酸钠，通入蒸气；反应过程控制pH值为3.0-5.5、保持蒸气压力0.4-0.5MPa、反应温度120-145℃；反应完后加适量的纯化水使之稀释；待酯化后，加入30％氢氧化钠溶液，此反应过程煮沸后回流8-12个小时，加1-6mlNaOH，pH值控制在8.0-11.0；水解完后根据中检游离磷酸盐的含量，加入MgO，以除去反应后的游离磷酸盐；将粗品甘油磷酸钠浓缩，并将游离甘油分离；将分离合格后的粗品甘油磷酸钠脱色，即得；该方法中制备的甘油磷酸钠中β-甘油磷酸钠含量高，并且产品收率高。