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本发明提供一种黄芩提取液絮凝除杂工艺。本发明通过采用助絮凝剂和絮凝剂的综合应用，破坏水提液中的胶体体系，将杂质提前清除，既减少了有效成分的水解，同时有效提高提取液的澄清度，从而有效提高黄芩提取物有效成分含量和黄芩苷收率。具体步骤包括：(1)向黄芩提取液中加入助凝剂悬浮液搅拌均匀得溶液I；(2)溶液I加热后向其中加入絮凝剂溶液并搅拌均匀得溶液II；(3)调节溶液II?pH至4.5～7.0后作保温静置处理；(4)取步骤(3)静置后的上清液，过滤后，加热调酸即得黄芩苷沉淀。