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本发明公开了基于FPGA的脑电眼电信号分析方法和系统，通过信号采集模块在大脑皮层表面采集电信号，并转换成数字信号通过无线传输方式传输至FPGA板进行解码；再经过频谱转换模块获取脑电信号不同频段能量强度；经过眨眼信号提取模块获取眼电信号眨眼强度；将处理后的脑电、眼电信号进行数据打包，并以无线形式传送至上位机；上位机对数据包进行解析，并对有用信息进行实时显示。本发明利用多通道的脑电信号频谱转换以及眨眼信号提取，提高了数据的处理速度；并通过对数据的打包保证数据的准确性以及传输的效率，实现对大规模脑电眼电信号的低成本在线处理，易于嵌入式实现。本发明作为基于FPGA的脑电眼电信号分析方法和系统可广泛应用于信号分析领域。